Pronunția corectă a prenumelui său este un subiect de confuzie. În limba greacă este folosit un accent numit spiritus asper care indica sunetul "h" (H de la Helena). Însă la acest lucru s-a renunțat acum 30 de ani, iar numele grecesc "" era deja pronunțat "Elena" la data nașterii sale. Pronunția cu accentul spiritus asper a fost menținut într-un sistem numit ortografie politonică care, nu avea semnificație vocală. Acest sistem a încetat să fie folosit acum câteva decenii.
În contrast, Elena Paparizou s-a născut în Suedia, unde numele "Helena" există și se presupune că prenumele său este pronunțat în această țară cu "H", astfel devenind "Helena". Chiar dacă mulți suedezi pronunță acest nume, cântăreața a fost înregistrată de către autorități:"Elena", acesta fiind folosit de către presa suedeză.
Numele său a fost pronunțat întotdeauna "Elena" în Grecia, dar în Suedia și în celelelte țări exceptând Grecia , numele de "Helena" a devenit mult mai cunoscut după ce-a de-a doua apariție a sa în cadrul concursului Eurovision. Într-un interviu acordat unei reviste din Suedia, cântăreața a declarat că preferă numele de "Helena", pentru că acesta nu poate fi confundat cu altele cum ar fi Jelena sau Chelena. Site-ul său oficial este helenapaparizou.com, iar litera "H" apare la începutul tuturor melodiilor și albumelor lansate în afara Greciei. Cântăreața a mărturisit că numele său corect este "Elena"(nume cu care ea a fost botezată) și că acesta este numele cu care preferă să fie cunoscută, litera "H" fiind folosită doar în lansările internaționale.