Pronunţia corectă a prenumelui său este un subiect de confuzie. În limba greacă este folosit un accent numit spiritus asper care indica sunetul "h" (H de la Helena). Însă la acest lucru s-a renunţat acum 30 de ani, iar numele grecesc "" era deja pronunţat "Elena" la data naşterii sale. Pronunţia cu accentul spiritus asper a fost menţinut într-un sistem numit ortografie politonică care, nu avea semnificaţie vocală. Acest sistem a încetat să fie folosit acum câteva decenii.

În contrast, Elena Paparizou s-a născut în Suedia, unde numele "Helena" există şi se presupune că prenumele său este pronunţat în această ţară cu "H", astfel devenind "Helena". Chiar dacă mulţi suedezi pronunţă acest nume, cântăreaţa a fost înregistrată de către autorităţi:"Elena", acesta fiind folosit de către presa suedeză.

Numele său a fost pronunţat întotdeauna "Elena" în Grecia, dar în Suedia şi în celelelte ţări exceptând Grecia , numele de "Helena" a devenit mult mai cunoscut după ce-a de-a doua apariţie a sa în cadrul concursului Eurovision. Într-un interviu acordat unei reviste din Suedia, cântăreaţa a declarat că preferă numele de "Helena", pentru că acesta nu poate fi confundat cu altele cum ar fi Jelena sau Chelena. Site-ul său oficial este helenapaparizou.com, iar litera "H" apare la începutul tuturor melodiilor şi albumelor lansate în afara Greciei. Cântăreaţa a mărturisit că numele său corect este "Elena"(nume cu care ea a fost botezată) şi că acesta este numele cu care preferă să fie cunoscută, litera "H" fiind folosită doar în lansările internaţionale.